Auch während der ersten Jahre nach der Machtergreifung durch Hitler ging die schulische Entwicklung ungestört weiter. Dann allerdings kam mit der totalen Ablehnung der Ordensschulen durch die Nationalsozialisten die große Wende, als Ostern 1938 das Heim mit der Handelsschule geschlossen und anderen Zwecken zugeführt wurde.

Die Wehrmacht interessierte sich für das leerstehende Haus und schloss mit dem Orden einen Mietvertrag ab. Am 19.12.1944 wurde der größte Teil der Anlagen durch Bomben zerstört, darunter auch das Hauptgebäude. Nur das 1932 errichtete Nebengebäude blieb einigermaßen verschont und bot nach dem Krieg eine beschränkte Möglichkeit, die schulische Tätigkeit, wenn auch unter primitiven  Bedingungen, erneut aufzunehmen.

Im September 1945 kamen 4 Schulbrüder wieder nach Bitburg, um mit den Aufräumarbeiten anzufangen und einige Wohn- und Unterrichtsräume notdürftig  einzurichten. Doch erst im September 1946 konnte der durch den Krieg unterbrochene Unterricht in der Berufsschule des Kreises Bitburg mit 236 Schülern gewerblicher und kaufmännischer Berufe wieder aufgenommen werden.  Neben den Schulbrüdern erteilten noch eine hauptamtliche Lehrkraft und einige Handwerksmeister als nebenberufliche Lehrkräfte den Unterricht. Allerdings konnten die Schulbrüder aus Personalmangel und weil sie eine zusätzliche Handelsschule in Honnef zu betreuen hatten, die Schule in Bitburg nicht mehr halten. Im April 1949 verließ der letzte Schulbruder Bitburg. Im Laufe der nächsten Jahre verkaufte der Orden den gesamten Grund- und Gebäudekomplex an die Stadt, die das Gelände einebnete und später dort das jetzige Gymnasium errichtete.